Amalvos pelkė dar praėjusio šimtmečio viduryje buvo didžiausia Suvalkijos pelkė (3414 ha), pasižymėjusi didele pelkinių buveinių ir rūšių įvairove. Vėliau ją smarkiai pakeitė žemių melioracijos bumas. Šiuo metu dėl sausinimo teritorijoje dominuoja degradavusios aukštapelkės buveinės (1158 ha, didžioji dalis patenka į draustinio teritoriją), kurios, sudarius tinkamas hidrologines sąlygas, galėtų atsikurti į aktyvias aukštapelkes, pelkinius miškus ir kitas pelkines buveines. Kiek mažesnį plotą užima nusausinti žemapelkiniai durpynai, kurių dauguma šiuo metu naudojami kaip pievos ir ganyklos. Nedideliuose apie 100 ha plotuose aptinkamos pelkinių miškų, tarpinių pelkių ir pelkinių lapuočių miškų buveinės (žr. buveinių žemėlapį).
Rytinėje pelkės dalyje telkšo ilgametės žemės ūkio ir Palių durpyno taršos smarkiai paveiktas hipertrofinis Amalvo ežeras (~190 ha). Dėl sausinimo, netinkamo naudojimo ir taršos Amalvos teritorijos biologinė įvairovė yra labai nuskurdinta, tačiau turi didelį atsikūrimo potencialą suderinamą su tausojančiu teritorijos ūkiniu naudojimu.
Šiuo metu Amalvoje yra saugomos keturios Europos Bendrijos svarbos paukščių rūšys: tetervinas, švygžda, griežlė ir mėlyngurklė. Migracijų metu teritorijoje apsistoja žąsų, ančių, tilvikinių paukščių būriai.

Aukštesnio vandens lygio palaikymas, žemės dirbimo atsisakymas ir šienavimas bei ganymas - pagrindiniai tausojančio žemapelkinių durpynų naudojimo principai
Siekiant darnesnio Amalvos pelkės naudojimo būtina:
- Užtikrinti pelkinių buveinių ir jų atliekamų funkcijų atsikūrimą degradavusios aukštapelkės teritorijoje atkuriant tinkamas hidrologines sąlygas. Įgyvendinto WETLIFE projekto metu buvo sumažintas melioracijos sistemų poveikis aukštapelkei šiaurinėje dalyje rekonstruojant Amalvo polderį, rytinėje - suremontuojant apsauginius pylimus, įrengiant Amalvo ežero vandens lygį palaikantį slenkstį ir pietinėje - patvenkiant sausinimo griovius. Pagrindinė sausinančio poveikio zona išlieka magistralinis griovys iškastas vakariniame pelkės pakraštyje;
- Užtikrinti tausojantį nusausintų žemapelkių plotų naudojimą, kuris palaikytų pievų bioįvairovę, sumažintų sausinantį poveikį aukštapelkei, o taip pat durpės skaidymąsi ir su tuo susijusias pasekmes (šiltnamio dujų išskyrimą, vandens taršą skaidymosi produktais). Kelias link tausojančio naudojimo galimas palaikant aukštesnį vandens lygį nusausintuose durpynuose, žemės dirbimą keičiant pievomis ir ganyklomis;
- Gerinti pelkių ekosistemų atliekamų funkcijų pažinimą, ugdyti pozityvų požiūrį į pelkes. Vis didesnei visuomenės daliai gyvenant miestuose, o taip pat ir kaimuose įsivyraujant miestietiškai nuo gamtos atsietai gyvensenai bei vartotojiškai pasaulėžiūrai, gamtos svarba tampa vis sunkiau suvokiama. Pelkės, dėl savo specifikos, dar turi neigiamo vertinimo įspaudą kaip pavojingos ir nenaudingos teritorijos. Šiandienos pasaulyje yra keli būdai kuriais galima padidinti subjektyviąją pelkių vertę visuomenės akyse. Vienas kelias – informuojant, pateikiant mokslinius argumentus. Yra sukaupta daug duomenų ne tik apie pelkių svarbą biologinei įvairovei, bet ir apie jų išskirtinę įtaką pasaulio klimatui, vietiniam mikroklimatui, vandens kokybei ir nuotėkiui, taip pat kitas atliekamas funkcijas (daugiau informacijos). Kitas – sudarant prielaidas asmeninio santykio suformavimui su gamta. Projekto metu bus skiriamas dėmesys abiem paminėtiem būdams.
Hidrologinių sąlygų atkūrimas Amalvos pelkėje
Pagrindinis projekto uždavinys – atkurti Amalvos aukštapelkės hidrologinį režimą, sumažinant vakariniame pelkės pakraštyje įrengtų melioracijos sistemų poveikį. Tai galima pasiekti sumažinant skirtumą tarp gruntinio vandens lygio reikalingo pelkės gyvybingumui užtikrinti ir vandens lygio vakariniame pelkės pakraštyje esančiame melioracijos griovyje. Šiuo tikslu bus atliekami hidrologiniai tyrinėjimai ir rengiamas melioracijos sistemos pertvarkymo techninis projektas. Kadangi vandens lygio pakėlimas griovyje įtakotų žemiausiose vietose esančias gretimas žemės ūkio naudmenas (~60 ha), su jų naudotojais bus siekiama sutarimo dėl žemės išpirkimo ar kompensavimo už sąlygų pasikeitimus (žr. numatomų darbų žemėlapį). Hidrologinių sąlygų atkūrimo efektyvumas bus vertinamas vykdant pelkės gruntinio vandens lygio ir augalijos monitoringą.
Gamtotvarkos plano rengimas
Projekto teritorijai planuojama parengti naują gamtotvarkos planą. Dokumente bus numatyti konkretūs buveinių ir rūšių populiacijų išsaugojimo/atkūrimo veiksmai 10 metų laikotarpiui, integruojantys ūkinę veiklą ir šlapynės ekosistemos funkcijų atkūrimą.
Atvirų aukštapelkių buveinių atkūrimas
Aukštaplekės plotuose, kuriuose dėl atkurto hidrologinio režimo tikimasi greičiausio aukštapelkių buveinių atsikūrimo, numatoma iškirsti medžius, jų atžalas. Tai ne tik sudarys prielaidas aukštapelkių plynėms būdingų rūšių atsikūrimui, bet ir sumažins vandens garinimą iš pelkės taip dar pagerinant hidrologines sąlygas (žr. numatomų darbų žemėlapį).
Tausojančio žemapelkinių durpynų naudojimo skatinimas
Nors pagrindinis projekto dėmesys yra skiriamas Europos Bendrijos prioritetinių pelkinių buveinių (aktyvių aukštapelkių, pelkinių miškų, pelkėtų lapuočių miškų) atkūrimui, keli veiksmai numatyti nusausintų žemapelkinių durpynų tausojančio naudojimo skatinimui. Bendrose diskusijose su tertitorijos ūkininkais ir Marijampolės savivaldybės administracijos darbuotojais bus siekama dirbamus durpynų plotus paversti pievomis ir ganyklomis, o apleistuose krūmais užželiančiuose plotuose vėl sugrąžinti tradicinį naudojimą - šienavimą ir ganiavą. Šiuo tikslu numatoma bendradarbiauti suteikiant tinkamus žolių sėklų mišinius įsėjimui dirbamuose laukuose, o taip pat suteikiant galvijus, įrengiant aptvarus.
Pozityvaus visuomenės požiūrio į pelkes ugdymas
Tarp projekto partnerių ir netiesiogiai projekte dalyvaujančių organizacijų bus keičiamasi apibendrinta moksline informacija apie pelkių atliekamas funkcijas ir svarbą visuomenei. Ši informacija bus pateikiama projekto renginių, pasaulinės pelkių dienos paminėjimų metu. Projekto laikotarpiu teritorijoje planuojama surengti ne mažiau kaip 4 renginius, 1 seminarą, skirtą bendradarbiavimo su ūkininkais ir tausonačio durpynų naudojimo skatinimui, susitikimus su vietos ūkininkais. Detaliau susipažinti su pelkių svarba bus galima projekto leidinių dėka. Vienas jų – platesnei visuomenei pelkių funkcijas, jų svarbą populiariai pristatantis leidinys, kitas – sprendimus priimančioms institucijoms, pateikiantis ekologinės ir ekonominės pelkių svarbos vertinimo rezultatus. Juos papildys nedidelės apimties projekto tikslus ir pasiekimus apibendrinantys įvadinis ir baigiamasis leidiniai.